Wenige Gehminuten vom Angermuseum entfernt steht die Barfüßerkirche. Die Ruine der 1944 zum großen Teil zerstörten Kirche des ehemaligen Franziskanerklosters zählt zu den Meisterwerken der deutschen Bettelordensarchitektur.

Sie beherbergt die ältesten Erfurter Glasmalereien, bedeutende Steinbildwerke, darunter die Grabplatte der Cinna von Vargula († 1370) und das Epitaph für Margareta von Myla († 1494), sowie den um 1420 entstandenen Färberaltar und den Marienkrönungsaltar, einen Doppelflügelaltar von 1446. Bis 1977 war die Kirche Gotteshaus der evangelischen Barfüßergemeinde. 1982 erfolgte die Einrichtung des Hohen Chors mit Leihgaben der Kirchgemeinde als Außenstelle des Angermuseums. Seit 2006 wird die Bausubstanz im Rahmen des Denkmalförderprogrammes national wertvoller Kulturgüter des Bundesbeauftragten für Kultur und Medien umfassend saniert.

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