Doch der Krieg hatte weiter reichende Konsequenzen: Mit dem Jahr 1940 kam es immer wieder zu Bombenangriffen. Am 11. April 1945 wurde Erfurt von amerikanischen Truppen eingeschlossen und lag unter Beschuss ihrer Artillerie.
Der Schwerpunkt der Zerstörungen dieses Angriffs lag im Bereich der Marktstraße, der Neuwerkstraße, der Gartenstraße, des Angerecks, des Bartholomäusturms und des Rathauses.
Der damalige Dienststellenvorsteher des Städtischen Hochbauamtes, der Architekt Radetzky, fasste die Schäden am Stadtverordnetensitzungssaal und die daraus folgenden Maßnahmen wie folgt zusammen:
"Beschädigt wurden 50 qm Holzbalkendecke vollständig, 20 % der Wandverkleidung, 35 % der Schreibtische, 1 gotisches Fenster und dessen Sandsteinverkleidung. Das große Wandgemälde (dieses war mit tausenden von Löchern durchbohrt) – wurde in 8-wöchigen Arbeiten durch Herrn [Joseph] Novotny-Ehl wieder instandgesetzt. Von den beiden seitlichen Wandgemälden ist ein vollkommen zerstört, das andere sehr schwer beschädigt. Eine Renovierung ist derzeit nicht möglich, da kein Material zu haben ist […] 3 Wappenfriese wurden schwer beschädigt, davon einer vollkommen. Dieser wurde jedoch erneuert. Die gesamte Stoffbespannung, die Deckenmalerei und die Bleiverglasung waren zu 100 % beschädigt, die Fenster und Türen zu 20 %, 65 % das Schieferdach […] Die großen Beleuchtungskörper waren verbogen, teilweise heruntergeflogen und mussten vollkommen erneuert werden. […] Die Wandbilder können das linke, wie bereits erwähnt, erst dann wieder restauriert werden, wenn Materialien vorhanden sein werden. Das rechte ist hundertprozentig zerstört und ist derzeit ebenfalls infolge Materialmangels nicht ersetzbar. Aus diesem Grunde habe ich die beiden Ersatzflächen bemalen lassen."
Aufgrund des damaligen Material- und Facharbeitermangels konnten die Instandsetzungsarbeiten erst im März 1946 beginnen und wurden Ende August desselben Jahres abgeschlossen. Die Kosten beliefen sich auf rund 25.000 Reichsmark.