Danach studierte er am Generalstudium seines Ordens im Erfurter Augustinerkloster Theologie. Im April 1508 war er bereits dritter Lektor des Generalstudiums. Für das Wintersemester 1508/1509 wurde er an die Universität Wittenberg geschickt.
1509 kehrte er nach Erfurt zurück, wurde hier zum sententiarius und 1510 zum baccalaureus formatus promoviert. 1510/1511 hielt er sich auf einer Romreise auf, kehrte von dort im März 1511 nach Erfurt zurück und verließ dieses im Sommer 1511 endgültig zugunsten von Wittenberg. In 1512 erhielt Luther in Wittenberg die Doktorwürde.

Nach Erfurt kam er später noch mehrmals, doch stets nur für kurze Zeit. Letztmals hielt sich der Reformator 1537 in Erfurt auf. Der zehnjährige Aufenthalt in Erfurt zwischen 1501 und 1511 hat Luther tief geprägt. Die Erfurter Universität nannte er später: mater mea [...], cui [...] honorem debeo (meine Mutter, der ich Ehrerbietung schulde).